人力资源外包运作不当会导致相关隐患发生，因此应该避免相关隐患发生。
第一，信息安全隐患。
企业在外包合作过程中必须向服务商披露大量信息，特别是在人力资源规划等项目中，往往会涉及到人力资源以外的如市场、技术等方面的信息。虽然目前国内的服务机构在合作时都会与企业签订保密协议，但由于我国目前相关法规的不健全，一些运作不规范的外包商有可能泄露企业经营管理方面的机密信息。特别是如果外包商因经营不善而倒闭，那么企业的合法权益将得不到保护。
第二，信息不对称隐患。
用人企业与外包服务商之间往往会存在信息不对称，以及信息过滤的风险。从企业来讲，由于对外包业务的监控减少，使得企业从供应商处获得的信息不及时，以及信息在传递过程中被扭曲。而服务商出于对自身利益考虑，有可能对信息加以过滤，故意隐瞒重要信息，因此，企业就不可能获得全面准确的信息，进而影响企业的有关决策，造成逆选择（adverse selection）。
从外包服务商来讲，它毕竟不如用人企业对自身情况的了解，企业也可能不提供详细的业务运作流程、企业的战略决策和政策等敏感信息，从而影响服务商的服务质量，使得服务不到位。
第三， 法律隐患。
主要存在于外包行业的运作规范和劳动纠纷的责任归属两方面。
我国目前人才市场中介服务机构的从业门槛较低，从业人员素质参差不齐、专业化程度不高。加之目前我国尚无相应的、完善的法律法规去规范猎头及其他外包行业的运作，一些非法中介机构的违规经营，使服务商的诚信度大打折扣。外包服务商的质量和专业素质已成为企业最应关注的也是风险最大的因素。
另外，人力资源外包实际上涉及到的是两个合作公司和外包人员三方利益平衡的问题。由于没有统一的行业规范，平衡三方利益主要是靠两个合同：外包公司和外包人才的合同、外包公司和目标合作公司的合同来保障。因此，三方劳务派遣关系下的责任归属问题也是人力资源外包中应考虑的重要问题。
第四，适应性隐患。
这里指企业自身与外包服务双方的适应性隐患。一方面，服务提供商是否能够深刻理解、适应企业文化的特点，全面分析企业现状并对服务进行相应的客户化；另一方面，企业是否已准备好项目实施的平台，是否对外包服务本身适应，现有的组织机构设置、制度、相关人力资源流程、企业执行力等是否能够保证外包服务的效果等，都需要双方的适应磨合。
第五，文化差异隐患。
企业文化的形成是一个长期的过程，且一旦形成很难改变。人力资源外包作为企业与外包商之间的一种合作行为，合作过程中必然产生文化的交叉与碰撞。若外包商在提供服务时不能很好地适应企业文化，则会造成服务质量与效率的下降，引起发包方企业员工的不满。目前我国一些外资人力资源外包商，正是由于政治、经济、文化上的差异，导致“水土不服”。
第六，员工隐患。
外包对于企业及员工而言是一种变革，原来的管理流程、职责分配、汇报关系及个人的职业发展定位都会有不同程度的改变，员工产生各种顾虑和猜疑在所难免。这些猜疑和顾虑的存在，会直接或间接地影响员工的工作情绪，从而加剧企业内部人员的流动，导致新一轮矛盾的加剧和内部冲突。另外，由于外包是利用外部人才来承担企业的内部职能，在外包的同时，若忽视了内部员工的作用，则会挫伤他们的工作热情，带来恶果。
第七，管理隐患。
主要包括企业自身人力资源职能边缘化和人力资源管理失控两方面的隐患。
随着人力资源外包在国内的不断发展，外包服务的内容已经逐渐涵盖了人力资源的主要职能。在这种趋势下，选择进行外包的企业自身的人力资源管理人员从实际工作中获得的经验、知识、技能越来越少，企业可能随之产生对外包的依赖性，逐渐使自身的人力资源管理能力削弱。
另外，当企业将自有的部分或全部人力资源管理职能外包出去时，组织结构由直线式朝着扁平化发展，对外包的相关业务的监控通常会减少，并可能造成责任不清、权责不明，从而产生弱化甚至失去对外包管理职能控制的隐患。
由此可见，企业为了规避人力资源外包可能产生的各类隐患，有必要运用供应链管理理念，从与人力资源服务提供有关的供应商开始，环环相扣，直到服务到达最终用户手中，真正按“链”的特性改造企业外包业务流程，使各个节点部门都具有较强的自组织和自适应能力。
